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BSCI验厂发现扣除员工工资，如果是以下几项是合法的：

1、法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。该规定16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得过劳动者当月工资的20%.若扣除后的剩余工资部分低于当地月工资标准，则按工资标准支付。

2、宜家验厂资料清单人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用;

3、人单位代扣代缴的劳动者个人所得税;

4、宜家验厂资料清单院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;